Родилась в 1940 г. в Саратове. Окончила музыкальное училище г. Саратов, РАМ и аспирантуру им. Гнесиных по классу кларнета. Её учителя А.А.Урусов, А.Л.Штарк, И.П.Мозговенко, Б.А.Диков.
Лауреат Международного (Хельсинки, 1962) и Всесоюзного (Ленинград, 1964) конкурсов исполнителей на духовых инструментах.
С 1965 г. ведёт специальный класс кларнета в РАМ Гнесиных (ГМПИ), в 1973–1975гг. формирует класс саксофона и ведёт его по сей день.
Создатель исполнительской школы игры на саксофоне в России. Среди её учеников более 50 лауреатов международных, всесоюзных и всероссийских конкурсов, заслуженные артисты России, профессора и доценты российских вузов.
М.К.Шапошникова проводит активную музыкально-просветительскую деятельность, мастер-классы, тематические концерты, организует исполнительские конкурсы и фестивали: «Голос саксофона в современном мире», «Дни саксофона в Москве», абонемент «Звучит саксофон», и др., она является несменным провайдером ежегодного российско-европейского Дельфийского молодёжного движения в исполнительской номинации «саксофон», постоянным членом жюри и председателем всевозможных конкурсов (Москва, Петербург, Бельгия, Прибалтика, Казахстан, Украина, Германия и др.), формирует и курирует ансамбли различных составов.
Как концертирующая саксофонистка одна из первых начала пропагандировать богатейший мировой репертуар для академического саксофона в России. Зарубежные выступления проходили во Франции, Японии, Германии, Прибалтике, Украине, Белоруссии, Югославии, Финляндии и др. Участвовала в Международных фестивалях Москвы, Тольятти, Эдинбурга, Берлина и др.
Ею записаны ряд грампластинок и CD-дисков, подготовлены радиопередачи и телефильм «Голос саксофона». Она является автором и составителем учебных пособий и нотных изданий (более 20 работ), учебных и конкурсных программ, автором многих транскрипций, при создании которых сотрудничала с отечественными композиторами Д.Шостаковичем, А.Хачатуряном, Т.Хренниковым, А.Эшпаем.
Является исполнителем премьер многих сочинений А.Шнитке, Э.Денисова, С.Павленко, В.Якимовского и др. Ряд композиторов посвятили ей свои сочинения (М.Раухвергер, М.Гагнидзе, М.Готлиб, Г.Калинкович и др.).
За яркую исполнительскую индивидуальность, пропаганду игры на саксофоне а также инициативу по организации академического образования на этом инструменте в России её имя внесено в отечественное библиографическое издание исполнителей на духовых инструментах, а также в Международный словарь «Кто есть Кто» (Кембридж).
Профессор РАМ имени Гнесиных. Народная артистка России (2005).